一、加强立项审批环节的管理。首先，强化立项管理，抓好项目的可行性论证。加强对用款单位专项资金项目申报的审查力度，防止单位以专项资金的名义套取财政资金挪作他用。其次，有效控制专项资金用于个人经费，使专项资金预算能够反映资金的最终用途，提高预算编制的严肃性及权威性。对一些必须发生的人员经费，采取调整基本支出中人员标准的方法予以解决，缓解规范管理与经费不足的矛盾。
    二、规范资金拨付环节。对纳入预算的专项资金实行财政集中支付和政府采购。进一步推进国库集中支付改革的进程，严格各项工作流程，保证资金支付的安全、高效。对专项资金支出中属于政府采购范围的，严格执行政府采购，防止出现盲目采购、重复采购、随意采购、不公平竞争以及购买质次价高产品的现象。
    三、加强项目资金绩效考核。财政部门除加强对用款单位资金运行的规范性和安全性检查外，进一步开展对资金有效性的检查，一是查效果，即看资金使用是否达到了预期目标；二是查效率，即看资金的运行效率及合理利用程度；三是查效益，即看项目产生的效益，包括经济效益、社会效益和环境效益。根据绩效考核结果，采取相应奖惩措施，并将其作为下一步预算编制的重要依据。